OHDSIの本
2025-04-01
序章
これは、OHDSI コラボレーションについての本です。この本は、OHDSIコミュニティにより作成され、OHDSIに関するすべての知識の中心的なリポジトリとして役立つことを目指しています。この本はオープンソース開発ツールを通じてコミュニティにより維持される生きた文書であり、絶えず進化しています。オンライン版は無料で http://book.ohdsi.org から利用でき、常に最新バージョンを表示します。物理的なコピー（訳者注：英語版）はAmazon で原価価格で入手可能です。
この本の目標
この本は、OHDSIの中心的な知識リポジトリとなることを目的としており、OHDSIコミュニティ、OHDSI データ標準、およびOHDSIツールについて説明します。本書は、OHDSIの初心者とベテランの両方を対象としており、必要な理論とそれに続く手順を提供する実用的な内容を目指しています。本書を読んだ後には、OHDSIが何であり、どのようにしてその旅に参加できるかを理解できます。共通データモデルおよび標準ボキャブラリとは何か、また、それらが観察医療データベースを標準化のためにどのように使用されるかを学びます。これらのデータの主な使用例である特性評価、集団レベルの推定、および患者レベルの予測について学びます。これらの3つすべての活動をサポートするOHDSIのオープンソースツールとその使用方法についても読みます。データ品質、臨床的妥当性、ソフトウエアの妥当性、方法の妥当性に関する章は、生成されたエビデンスの質をどのように確立するかを説明します。最後に、分散された研究ネットワークでこれらの研究を実行するためのOHDSIツールの使用方法を学びます。
本書の構成
この本は5つの主要な部に分かれています：
- OHDSIコミュニティ
- 統一されたデータ表現
- データ分析
- エビデンスの質
- OHDSI研究
各部には複数の章があり、各章は次の順序に従います：導入、理論、実践、まとめ、演習。
貢献者
各章には1名または複数の章の著者がリストされています。これらは章の執筆を主導した人々です。しかし、本書に貢献した他の多くの人々もおり、ここで感謝の意を表したいと思います：
| Hamed Abedtash | Mustafa Ascha | Mark Beno |
| Clair Blacketer | David Blatt | Brian Christian |
| Gino Cloft | Frank DeFalco | Sara Dempster |
| Jon Duke | Sergio Eslava | Clark Evans |
| Thomas Falconer | George Hripcsak | Vojtech Huser |
| Mark Khayter | Greg Klebanov | Kristin Kostka |
| Bob Lanese | Wanda Lattimore | Chun Li |
| David Madigan | Sindhoosha Malay | Harry Menegay |
| Akihiko Nishimura | Ellen Palmer | Nirav Patil |
| Jose Posada | Nicole Pratt | Dani Prieto-Alhambra |
| Christian Reich | Jenna Reps | Peter Rijnbeek |
| Patrick Ryan | Craig Sachson | Izzy Saridakis |
| Paola Saroufim | Martijn Schuemie | Sarah Seager |
| Anthony Sena | Sunah Song | Matt Spotnitz |
| Marc Suchard | Joel Swerdel | Devin Tian |
| Don Torok | Kees van Bochove | Mui Van Zandt |
| Erica Voss | Kristin Waite | Mike Warfe |
| Jamie Weaver | James Wiggins | Andrew Williams |
| Seng Chan You |
日本語版について
The Book of OHDSI日本語版の作成にあたっては、松本繁巳、平松達雄の監修のもと、実務作業を浅尾啓子、小林朋子が担い、三浦基の協力により実現されました。機械翻訳プログラムはMartijn Schuemieにご提供いただき質の良い翻訳原稿を元に作業ができましたことを感謝申し上げます。なお本日本語版プロジェクトには京都大学リアルワールドデータ研究開発講座からご支援をいただきました。「OHDSIの本」が日本のOHDSIコミュニティーの発展に寄与できれば幸いです。
ソフトウェアのバージョン
この本の大部分はOHDSIのオープンソースソフトウェアについてであり、このソフトウェアは時間とともに進化します。開発者はユーザーに一貫して安定した体験を提供するよう最善を尽くしていますが、時間の経過とともにソフトウェアの改善により、本書の一部の指示が時代遅れになるのは避けられません。コミュニティはそれらの変更を反映するためにオンラインの本書を更新し、時間の経過とともにハードコピーの新しい版（エディション）をリリースします。参考までに、本書のこのバージョンで使用されているソフトウェアのバージョンは以下の通りです：
- ACHILLES: バージョン 1.6.6
- ATLAS: バージョン 2.7.3
- EUNOMIA: バージョン 1.0.0
- 方法ライブラリパッケージ: 表 0.1を参照
| パッケージ | バージョン |
|---|---|
| CaseControl | 1.6.0 |
| CaseCrossover | 1.1.0 |
| CohortMethod | 3.1.0 |
| Cyclops | 2.0.2 |
| DatabaseConnector | 2.4.1 |
| EmpiricalCalibration | 2.0.0 |
| EvidenceSynthesis | 0.0.4 |
| FeatureExtraction | 2.2.4 |
| MethodEvaluation | 1.1.0 |
| ParallelLogger | 1.1.0 |
| PatientLevelPrediction | 3.0.6 |
| SelfControlledCaseSeries | 1.4.0 |
| SelfControlledCohort | 1.5.0 |
| SqlRender | 1.6.2 |
本書が作成された方法
この本は RMarkdown を使用して bookdown パッケージで書かれています。オンラインバージョンはソースリポジトリ https://github.com/OHDSI/TheBookOfOhdsiInJapanese/ から自動的に再構築され、継続的統合システム “travis” によって管理されます。定期的に本の状態のスナップショットが取得され、「版（エディション）」としてマークされます。これらの版はAmazonから物理コピーとして入手できます（訳者注：物理コピーは英語版のみ入手可能）。