第 2 章 どこから始めようか

著者：Hamed Abedtash & Kristin Kostka

「千里の道も一歩から」 - 老子

OHDSIコミュニティは、学術界、産業界、政府機関といった多くのステークホルダーで構成されています。私たちの仕事は患者、医療提供者、研究者、医療システム、産業界、政府機関など、さまざまな個人や組織に利益をもたらします。この利益は、医療データ分析の質を向上させるだけでなく、これらの利害関係者にとっての医療データの有用性を向上させることによって実現されます。私たちは、観察研究が革新的な思考から大いに恩恵を受ける分野だと考えており、積極的に新しい方法論的アプローチを模索し、奨励しています。

2.1 旅に参加しよう

OHDSIには、患者、医療専門家、研究者、あるいは私たちの活動に賛同する人など、誰もが積極的に参加できます。OHDSIは包括的なメンバーシップモデルを維持しています。OHDSIのコラボレーターになるために会費は必要ありません。コラボレーションは手を挙げるだけの簡単なもので、毎年のOHDSI会員数に含まれます。参加は完全に任意です。コラボレーターは、毎週のコミュニティコールに参加するだけの人から、ネットワーク研究やOHDSIワーキンググループを率いる人まで、さまざまなレベルの貢献が可能です。データ保持者でなくても、活発なコミュニティメンバーとして参加できます。OHDSIコミュニティは、データ保持者、研究者、医療提供者、患者や消費者に同様にサービスを提供することを目的としています。コラボレーターのプロファイルの記録はOHDSIウェブサイトで維持され、定期的に更新されます。メンバーシップはOHDSIコミュニティコール、ワーキンググループや地域支部によって促進されます。

旅に参加しよう ― OHDSIのコラボレーターになるには

図 2.1: 旅に参加しよう ― OHDSIのコラボレーターになるには

2.1.1 OHDSIフォーラム

OHDSIフォーラム3は、OHDSIコミュニティのコラボレーターが投稿メッセージの形で会話ができるオンラインのディスカッションサイトです。フォーラムはツリー状のディレクトリ構造で構成されています。最上部は「カテゴリ」です。フォーラムは、関連するディスカッションのカテゴリで分けることができます。カテゴリの下にはサブフォーラムがあり、これらのサブフォーラムにはさらにサブフォーラムがあります。トピック（一般にはスレッドと呼ばれる）はサブフォーラムの最下層にあり、ここでフォーラムメンバーはディスカッションや投稿を始められます。

OHDSIフォーラムには、次のようなコンテンツのカテゴリがあります：

  • 一般: OHDSIコミュニティに関する一般的なディスカッションと参加方法
  • 実装者: 共通データモデルとOHDSI分析フレームワークをローカル環境に実装する方法についてのディスカッション
  • 開発者: OHDSIアプリケーションや他のOMOP CDMを活用するツールのオープンソース開発についてのディスカッション
  • 研究者: CDMベースの研究に関するディスカッション（エビデンス生成、共同研究、統計手法やOHDSI研究ネットワークに関連するその他のトピックを含む）
  • CDMビルダー: 要件、ボキャブラリ、技術的側面を含む進行中のCDM開発に関するディスカッション
  • 語彙ユーザー: ボキャブラリコンテンツに関するディスカッション
  • 地域支部（例：韓国、中国、ヨーロッパ）: OMOP実装やOHDSIコミュニティ活動に関連する、母国語での地域のディスカッション

自分のトピックを投稿するには、アカウントにサインアップする必要があります。フォーラムのアカウントを取得し、一般的なトピックの「Welcome to OHDSI! - Please introduce yourself（OHDSIへようこそ！-自己紹介をお願いします）」というスレッドで自己紹介することをお勧めします。返信では１）自己紹介と自分の仕事について簡単に教えてください、２）コミュニティでどのように貢献したいか教えてください（例：ソフトウェア開発、研究実施、研究論文の執筆など）。これでOHDSIの旅が始まります！ここから、ディスカッションに参加することをお勧めします。質問したり、新しいアイデアを議論したり、コラボレーションしたりするための手段として、OHDSIコミュニティはフォーラムを使用することを推奨しています。

トピックを選択して「ウォッチ」することができます。ウォッチしているトピックに新しい投稿が追加されるたびにメールが届き、その投稿にメールで直接返信できるようになります。一般的なスレッドをウォッチして、今後の会議の議題や、コラボレーションの機会に関する詳細を受け取ったり、毎週のOHDSIダイジェストを直接受信トレイに配信しましょう！

2.1.2 OHDSIイベント

OHDSIは、コラボレーター同士が学び合い、将来の協力を促進する機会を提供するため、定期的に対面イベントを開催しています。これらのイベントはOHDSIウェブサイトで通知され、参加を希望する人は誰でも無料で参加できます。

OHDSIシンポジウムは、米国、ヨーロッパ、アジアで毎年開催される学術会議で、コラボレーターが全体会議、ポスター発表、ソフトウェアのデモを通じて最新の研究を発表できます。OHDSIシンポジウムはネットワーキングのための素晴らしい場であり、コミュニティ全体での最新の進歩について学ぶ機会です。OHDSIシンポジウムには通常、OHDSIチュートリアルが併設されており、OHDSIコラボレーターがコースの講師となって教えるもので、コミュニティの新規参加者に、データ標準や分析のベストプラクティスに関するトピックについて実践的な取り組みを行う機会を提供します。これらのチュートリアルは通常ビデオ録画され、イベント後にOHDSIウェブサイトで公開され、イベントに参加できなかった人も利用できます。

OHDSIコラボレーターの対面イベントは、通常は共通の関心事の問題に焦点を当てた小規模なフォーラムです。過去のイベントには、フェノタイプ・ハッカソン、データ品質ハッカソン、オープンソースソフトウェアのドキュメンテーション・ハッカソンなどがあります。OHDSIは、複数のStudy-a-Thonイベントを主催してきました。この複数日にわたるセッションの目的は、適切な観察分析をデザイン・実装し、OHDSIネットワーク全体で研究を実行し、一般への普及のためにエビデンスを統合することにより、特定の研究問題に関してチームとして協力することです。これらのすべてのイベントにおいて、共通の問題を解決したいという共通の願いがあるだけでなく、共同で問題解決を行うプロセスを学び、継続的な改善を促す歓迎的な環境を提供することにも共通の関心があります。

OHDSIコミュニティのパワーをもっと学びましょう。過去のイベントセクションPast Events（過去のイベント）から、過去のシンポジウムや対面会議を検索し、また、OHDSIチュートリアルを視聴ください。過去のイベントは定期的に更新され、コミュニティイベントはアーカイブされています。

2.1.3 OHDSIコミュニティコール

OHDSI コミュニティ コールは、OHDSI コミュニティ内で進行中の活動にスポットライトを当てる機会です。毎週火曜日の午前11時から12時（東部標準時）に開催される電話会議は、OHDSIコミュニティが集まり、最近の開発を共有し、個々のコラボレーター、ワーキンググループ、コミュニティ全体の成果を認識する時間です。毎週の会議は記録され、プレゼンテーションはOHDSIウェブサイトのリソースにアーカイブされます。

OHDSIコラボレーターは、毎週の電話会議への参加を歓迎され、コミュニティディスカッションのトピックを提案することが奨励されています。OHDSIコミュニティコールは、研究成果を共有し、進行中の作業に対するフィードバックを求め、開発中のオープンソースソフトウェアツールをデモンストレーションし、データモデリングと分析のためのコミュニティベストプラクティスを議論し、助成金/出版物/会議ワークショップのための将来のコラボレーションの機会をブレインストーミングするフォーラムとなります。OHDSIコラボレーター会議のトピックを持っているコラボレーターは、OHDSIフォーラムに意見を投稿ください。

OHDSI コミュニティの新規参加者として、OHDSIネットワーク全体で何が起こっているかを把握するために、このコールシリーズをカレンダーに追加することをお勧めします。OHDSIコールに参加する場合は、OHDSIフォーラムでアナウンスを確認してください。OHDSIフォーラムコミュニティコールのトピックは週ごとに異なります。OHDSIフォーラムのOHDSIウィークリーダイジェストで、毎週のプレゼンテーションのトピックの詳細情報を確認することもできます。新規参加者は、初回のコールで自己紹介し、自分自身、経歴、OHDSIに参加した理由についてコミュニティに話すよう求められます。

2.1.4 OHDSIワークグループ

OHDSI には、ワークグループチームが主導するさまざまな進行中のプロジェクトがあります。各ワークグループにはそれぞれリーダーシップ チームがあり、プロジェクトの目的、目標、コミュニティに提供される成果物を決定します。ワークグループには、プロジェクトの目的と目標に貢献することに関心のあるすべての人が参加できます。ワークグループは、長期にわたる戦略的な目的の場合もあれば、コミュニティの特定のニーズを満たすための短期プロジェクトである場合もあります。ワークグループの会議の頻度は、プロジェクトリーダーシップによって決定され、グループごとに異なります。アクティブなワークグループのリストは、OHDSI Wiki で管理されています。

表 2.1 は、アクティブなOHDSIワークグループのクイックリファレンスです。是非コールに参加して、より多くを学ぶことをお勧めします。

表 2.1: 注目すべきOHDSIワークグループ
ワークグループ名 目的 対象参加者
ATLAS & WebAPI ATLASとWebAPIは、OMOP CDMを基盤として構築し、標準化された分析機能を提供するOHDSIオープンソースソフトウェアアーキテクチャの一部です。 オープンソースのATLAS/WebAPIプラットフォームを改善し、貢献することを目指すJava & JavaScriptソフトウェア開発者
CDM & ボキャブラリ 臨床患者データに適用される体系的で、標準化された大規模な分析を目的として、OMOP CDMの開発を継続します。他のワーキング グループによって開発された標準化された分析をサポートするため、国際的なコーディング体系と患者ケアの臨床的側面のカバレッジを拡大することで、標準化ボキャブラリの品質を向上させます。 OMOP CDMと標準ボキャブラリの改善に関心があり、すべてのニーズと使用例に対応できる人
ゲノム解析 OMOP CDMを拡張して、患者のゲノムデータを組み込みます。このワークグループは、さまざまなシーケンスプロセスからの遺伝子変異に関する情報を保存できる CDM 互換スキーマを定義します。 すべての人が参加可能
集団レベルの推定 正確で信頼性が高く、再現性のある集団レベルの効果推定につながる観察研究のための科学的手法を開発し、コミュニティによるこれらの手法の使用を促進します。 すべての人が参加可能
自然言語処理 OHDSI傘下の観察研究で、EHRのテキスト情報の使用を促進します。この目的を促進するため、このワークグループはOHDSIコミュニティによる研究に臨床テキストを利用するために実装できる方法とソフトウェアを開発します。 すべての人が参加可能
患者レベルの予測 複数の対象とするアウトカムに用いることができ、対象とするあらゆる患者サブグループからの観察医療データに適用出来る、正確で十分に調整された患者中心の予測モデルを開発するため、標準化されたプロセスを確立します。 すべての人が参加可能
ゴールドスタンダートフェノタイプ（表現型）ライブラリ OHDSIコミュニティのメンバーが、コミュニティで検証されたコホート定義を研究やその他の活動のために見つけ、評価し、利用できるようにします。 フェノタイプのキュレーションと検証に関心のあるすべての人が参加可能
FHIR ワークグループ OHDSI FHIR統合のロードマップを確立し、OHDSIベースの観察研究のためにEHRコミュニティのFHIR実装とデータを活用し、FHIRベースのツールとAPIを通じてOHDSIデータと研究結果を普及するための推奨事項を、より広範なコミュニティに提供します。 相互運用性に関心のあるすべての人が参加可能
GIS OMOP CDMを拡張し、患者の環境曝露の履歴をその臨床フェノタイプと関連付けるためにOHDSIツールを活用します。 健康関連の地理属性に興味のあるすべての人が参加可能
臨床試験 OHDSIプラットフォームとエコシステムがあらゆる面で試験を支援できる臨床試験のユースケースを理解し、サポートする OHDSI ツールの更新の推進を支援します。 臨床試験に興味のあるすべての人が参加可能
THEMIS THEMIS の目的は、OMOP CDM 規約を超える標準規約を開発し、各 OMOP サイトでデザインされた ETL（抽出-変換-読込） プロトコルが最高品質で、再現可能かつ効率的であることを保証することです。 ETL標準化に関心のあるすべての人が参加可能
メタデータ & 注釈 私たちの目標は、人間と機械が作成したメタデータと注釈を 共通データモデル に保存するための標準プロセスを定義し、研究者が観察データセットに関する有用なデータ成果物を利用することができ、また、そのようなデータ成果物を作成できるようにすることです。 すべての人が参加可能
患者生成医療データ(Patient Generated Health Data; PGHD) この ワークグループの目標は、スマートフォン/アプリ/ウェアラブル デバイスから生成される PGHD の ETL 規約、臨床データとの統合プロセス、分析プロセスを開発することです。 すべての人が参加可能
OHDSI女性グループ OHDSIコミュニティ内の女性が一堂に会し、科学、技術、工学、数学(science, technology, engineering and mathematics; STEM)で働く女性として直面する課題について話し合う場を提供すること。OHDSIコミュニティがSTEM分野の女性をどのようにサポートできるかについて、女性たちが自分たちの視点を共有し、懸念を提起し、アイデアを提案し、最終的にはコミュニティやそれぞれの分野でリーダーとなる女性たちを鼓舞することができるような議論を促進することを目指しています。 このミッションに賛同するすべての人が参加可能
運営委員会 OHDSIのすべての活動とイベントが、成長を続けるコミュニティのニーズに合致していることを確認することで、OHDSI の使命、ビジョン、価値観を維持します。さらに、このグループは、OHDSI の将来の方向性についてガイダンスを提供することで、コロンビアに拠点を置く OHDSI コーディネーティングセンターの諮問グループとして機能します。 コミュニティ内のリーダー

2.1.5 OHDSI地域支部

OHDSI 地域支部は、地理的な地域に所在し、地域特有の問題に対処するため、ローカル ネットワークイベントや会議を開催したいと考えているOHDSIコラボレーターのグループです。現在、OHDSI地域支部は、ヨーロッパ4、韓国5、中国6にあります。ご自身の地域で OHDSI 地域支部を設立したい場合は、OHDSI Webサイトで説明されているOHDSI地域支部のプロセスに従って設立できます。

2.1.6 OHDSI研究ネットワーク

OHDSI のコラボレーターの多くは、データをOMOP共通データモデルに変換することに関心を持っています。OHDSI研究ネットワークは、ETLプロセスを経てOMOPに準拠した観察データベースの多様なグローバルコミュニティを表しています。OHDSIコミュニティでの取り組みにデータの変換が含まれる場合は、OMOP CDMとボキャブラリに関するチュートリアル、変換を支援する無料で利用可能なツール、特定のドメインやデータ変換の種類を対象とするワークグループなど、取り組みを支援する多数のコミュニティリソースがあります。OHDSIのコラボレーターは、OHDSIフォーラムを利用して、CDM変換中に発生する課題について話し合い、トラブルシューティングすることを推奨されます。

2.2 どこにフィットするか

ここまで読んで、あなたは「私はOHDSIコミュニティのどこに属しているのだろう？」と疑問に思っているかもしれません。

私は臨床研究者で、研究を始めたいと思っています。 特定の質問に答えるためにOHDSIリサーチネットワークを使用したい臨床研究者であるなら、たとえば論文を発表したいと考えているなら、あなたは正しい場所にいます。OHDSIフォーラムのOHDSI Researchers Topic（OHDSI研究者トピック）にアイデアを投稿することから始めましょう。これにより、似た関心を持つ研究者とつながることができます。OHDSIは論文の出版を好んでおり、リサーチクエスチョンを分析や迅速に分析や論文にしていくための多くのリソースを提供しています。詳細は第11、12、13章をご覧ください。

私はOHDSIコミュニティが発信する情報を読んで利用したいと思っています。 患者、臨床医、医療の専門家のいずれであっても、OHDSIは健康アウトカムをよりよく理解するのに役立つ高品質のエビデンスを提供したいと考えています。コードを書くのは久しぶりかもしれません。プログラムを書いたことがないかもしれません。あなたにはこのコミュニティに居場所があります。私たちはあなたをエビデンスの消費者と呼びます。あなたはOHDSIの研究を行動に移す人です。あなたはOHDSIがどのようなエビデンスを生成したか、または生成中であるかを知るためにふるいにかけており、おそらく自分に関連する質問を提案したいとも思っているでしょう。私たちはあなたがディスカッションに参加することを歓迎します。OHDSIフォーラムで質問を始めましょう。コミュニティコールに参加し、最新の研究について聞いてください。OHDSIシンポジウムや対面ミーティングに参加してコミュニティと直接交流しましょう。あなたの質問はOHDSIコミュニティの重要な部分です。声を上げて、あなたが探しているエビデンスについて、私たちがさらに知る手助けをしてください！

私は医療のリーダーとして働いています。データ所有者、またはその代表者であるかもしれません。組織にとってのOMOP CDMとOHDSI分析ツールの有用性を評価しています。 組織の管理者/リーダーとして、あなたはOHDSIについて聞いたことがあり、OMOP CDMがあなたのユースケースにどのように役立つかを知りたいと思っているかもしれません。OHDSIの過去のイベント資料に目を通し、研究内容を確認ください。コミュニティコールに参加して、ただ聞くだけでも構いません。第7章（データ分析のユースケース）を読むと、OMOP CDMやOHDSI分析ツールで実現できる研究の種類を理解するのに役立つかもしれません。OHDSIコミュニティは、あなたの旅をサポートします。興味のある具体的な分野がある場合は遠慮せずに発言し、事例を尋ねてください。世界中の200以上の組織がOHDSIで協力しており、コミュニティの価値を示すための多くの成功事例があります。

私はデータベース管理者で、私の機関のデータをETLまたはOMOP CDMに変換したいと考えています。 データを「OMOP」化することは、斬新で価値のある取り組みです。ETLプロセスを始めたばかりの場合、OHDSIコミュニティのETLチュートリアルスライドを参照するか、今後開催されるOHDSIシンポジウムに登録したりしてください。THEMISワークグループのコールに参加し、OHDSIフォーラムで質問することも考えてみてください。OMOP CDMの実装を成功に導く支援となる知識がコミュニティには豊富にあります。遠慮しないでください！

私は生物統計学者やメソッドの開発者で、OHDSIツールスタックへの貢献に興味があります。Rに精通しており、Gitにコミットする方法を知っています。何よりも、OHDSI Methods Libraryに専門知識を持ち込み、これらの方法論をさらに発展させたいと思っています。まずは、集団レベルの推定または患者レベルの予測のワークグループコールに参加し、現在のコミュニティの優先事項について詳しく聞くことをお勧めします。OHDSIツールを使用する際、該当するGitHubリポジトリ（例：SQL Renderパッケージの問題であれば、OHDSI/SqlRenderのGitHubリポジトリに提出します）に問題を報告することもできます。皆さんの貢献をお待ちしています！

私はソフトウェア開発者で、OHDSIツールスタックを補完するツールの構築に関心があります。 コミュニティへようこそ！OHDSIのミッションの一環として、私たちのツールはApacheライセンスの下でオープンソースとして管理されています。OHDSIツールスタックを補完するソリューションの開発を歓迎しています。ワークグループに参加し、アイデアを提案ください。OHDSIはオープンサイエンスとオープンコラボレーションに多大な投資をしていることに留意ください。独自のアルゴリズムとソフトウェアソリューションは歓迎しますが、私たちのソフトウェア開発の主な焦点ではありません。

私はコンサルタントで、OHDSIコミュニティに助言したいと考えています。 コミュニティへようこそ！あなたの専門知識は貴重であり、高く評価されています。必要に応じて、OHDSIフォーラムでサービスを宣伝することができます。OHDSIチュートリアルに参加ください。また、年間を通じてシンポジウムの抄録集や OHDSI の対面ミーティングで専門知識を提供して貢献することを検討ください。

私は学生で、OHDSIについてもっと学びたいと思っています。 あなたは正しい場所にいます！OHDSIコミュニティコールに参加し、自己紹介することを考えてみてください。OHDSIチュートリアルを詳しく調べたり、OHDSIシンポジウムや対面ミーティングに参加してOHDSIコミュニティが提供する方法とツールについてさらに学ぶことをお勧めします。特定の研究に関心がある場合は、OHDSIフォーラムの研究者トピックに投稿してお知らせください。多くの組織がOHDSIの後援する研究の機会（例：ポスドク、研究フェローシップ）を提供しています。OHDSIフォーラムでは、これらの機会などに関する最新情報を提供しています。

2.3 まとめ

  • OHDSIコミュニティに参加するのは、挨拶するのと同じくらい簡単です。OHDSIフォーラムに投稿し、コミュニティコールに参加ください。
  • 研究やETLに関する質問をOHDSIフォーラムに投稿ください。

  1. https://forums.ohdsi.org↩︎

  2. https://www.ohdsi-europe.org/↩︎

  3. https://forums.ohdsi.org/c/For-collaborators-wishing-to-communicate-in-Korean↩︎

  4. https://ohdsichina.org/↩︎